Etkili alerji aşısı yapılmasını sağlar. Çünkü moleküler alerji testi bileşene dayalı alerji aşısının yapılmasını sağlamaktadır. Alerjiye neden olan maddelerin bileşenlerine karşı alerjinin saptanması da çok önemli bilgiler vermektedir. Bileşene dayalı alerji testiyle alerji aşıları daha güvenli sonuç vermektedir. Çünkü çapraz reaksiyonlara neden olan karbonhidrat yapısındaki bileşenler bu testle temizlenmektedir.Ayrıca moleküler alerji testiyle alerjen içinde saptanan moleküller sayesinde gerçek bir alerji mi yoksa diğer alerjenlerden etkilenen bir molekül mü olduğu ortaya konulmaktadır. Bunun sonucu olarak da alerji aşısı içine sadece gerçek alerjenler konulması ve daha etkili bir alerji aşısının yapılması mümkün olmaktadır. Alerji ciddiyetini ve alerji aşısının etkisi konusunda bilgi sağlar Moleküler alerji testi ayrıca moleküler yayılmayı da göstermekte ve alerjinin şiddeti hakkında da bilgi vermektedir. Alerji ilk geliştiğinde bir kaç moleküle alerji mevcutken, zamanla moleküler yayılma olmakta ve başka moleküllere de alerji gelişmektedir. Bu da alerji aşısının etkili olup olmayacağı ve ne kadar sure alerji aşısı uygulanması konusunda da bilgi sağlamaktadır.